Epidemiologiya kafedrası 1943-cü ildə məşhur epidemioloq, malyarioloq, professor İ.Ə.Axundov tərəfindən təşkil edilmişdir. İ.Ə.Axundov Almaniyanın Münhen şəhərində təhsil almış, institutu bitiridikdən sonra Hamburq tropik institutunda professor Martinin yanında assistent işləmişdir və orada doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir. 1928 – ci ildə vətənə qayıdıb və Azərbaycan Tropik İnstitutunda entomologiya şöbəsinin müdiri kimi 1946 – cı ilə qədər işləmişdir. 1931- ci ildə onu Azərbaycan Tibb İnstitutunun Ölkə patologiyası kafedrasının dosenti təyin etmişlər. Burada o, 1942 – ci ilə qədər işləmişdir. 1930 – 1940 – cı illərdə Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunda Tropik xəstəliklər kafedrasının müdiri işləmişdir.

İlk illərdə kafedra Malyariya və Tibbi Parazitologiya İnstitutunun bazasında yerləşirdi və onun pedaqoji kollektivi 2 nəfərdən (professor  İ.Ə. Axundov və assistent M.M. Axundov) ibarət idi; bu dövrdə kafedrada yalnız sanitariya-gigiyena fakültəsinin tələbələrinə dərs keçirilirdi.

Kafedranın ilk müdiri professor İsmayıl Əbdülxalıq oğlu Axundov (1897–1952) Münhen (Almaniya) Universitetində tibb təhsili almış, orada doktorluq dissertasiyasını müdafiə etdikdən sonra vətənə qayıdaraq 1931–1942-ci illərdə ATİ-nin ölkə patologiyası kafedrasının dosenti vəzifəsində işləmiş, 1939–1940-cı illərdə isə Azərbaycan Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunun tropik xəstəliklər kafedrasına rəhbərlik etmişdir.

İ.Ə. Axundov o vaxtlar Azərbaycanda geniş yayılmış yoluxucu və parazitar xəstəliklərə (xüsusən malyariyaya) qarşı profilaktik tədbirlərin hazırlanmasına böyük əmək sərf etmişdir. İ.Ə. Axundovun 40-dan artıq elmi işinin əksəriyyəti malyariyaya həsr edilmişdir. Onun malyariyaya dair monoqrafiyasında bu xəstəliyin epidemiologiyası, klinikası, diaqnostikası və müalicə üsulları ətraflı şərh edilmişdir.

Onun kafedraya rəhbərlik etdiyi vaxt burada 1943–1948-ci illərdə assistent vəzifəsində işləyən Məmmədhəsən Məmmədhüseyn oğlu Axundov və 1945–1948-ci illərdə assistent vəzifəsində işləyən Salar Ağarəfi oğlu İmaməliyev sonralar tibb elmləri doktoru alimlik dərəcəsi almış, respublikanın müxtəlif əks-epidemik müəssisələrinin — Azərbaycan Taun Əleyhinə Stansiyasının və Epidemiologiya, Mikrobiologiya və Gigiyena İnstitutunun rəhbəri olmuşlar.

1945-ci ildə kafedranın assistenti vəzifəsində əmək fəaliyyətinə başlayan T.Ə. Tağızadə (1923–1998) ömrünün sonuna qədər burada işləmişdir.

Professor İ.Ə. Axundov 1952-ci ildə bədbəxt hadisə nəticəsində faciəli surətdə həlak olmuşdur. Bundan sonra 1952–1954-cü illərdə kafedraya Tağı Ələkbər oğlu Tağızadə, 1954–1964-cü illərdə isə Pyotr Petroviç Popov (1888–1964) rəhbərlik etmişdir. Professor P.P. Popov kafedraya rəhbərlik etməklə yanaşı, Malyariya və Tropik Təbabət İnstitutunun direktoru vəzifəsində işləyirdi. Onun rəhbərliyi altında kafedrada 2 assistent (Ə.S. Mərdanlı və T.Ə. Tağızadə) çalışırdı.

P.P. Popovun rəhbərliyi ilə 2 nəfər (Ş.N. Həsənov və R.Ə. Bayramova) namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir.

1964–1992-ci illərdə epidemiologiya kafedrasına Tağı Ələkbər oğlu Tağızadə rəhbərlik etmişdir. T.Ə. Tağızadə 1964-cü ildə doktorluq dissertasiyasını müdafiə etmiş, 1965-ci ildə professor elmi adını almış, bütün ömrü boyu ATU-nun epidemiologiya kafedrasında işləmişdir. Müxtəlif illərdə (1962–1966, 1981) Azərbaycan SSR Səhiyyə Nazirliyinin ET Tibbi Parazitologiya və Tropik Təbabət İnstitutunun direktoru olmuşdur. Sonralar üç institut birləşdirilmiş və T.Ə.Tağızadə 1991 – ci ilə kimi həmin institutun direktoru olmuşdur. Onun elmi-tədqiqatları əsasən leptospiroz, malyariya, helmintozlar və salmonelyoz xəstəliklərinin müalicə və profilaktikasına həsr edilmişdir.

 Azərbaycan SSR Epidemioloqlar, Mikrobioloqlar və Parazitoloqlar Elmi Cəmiyyətinin sədri olmuşdur (1974-cü ildən). T.Ə. Tağızadənin rəhbərliyi ilə 9 nəfər doktorluq, 27 nəfər namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir.

T.Ə. Tağızadə “Səhiyyə əlaçısı” döş nişanı (1954), “Şərəf nişanı” ordeni və medallarla təltif edilmiş, 1981-ci ildə “Əməkdar elm xadimi” fəxri adına layiq görülmüşdür.

T.Ə. Tağızadənin kafedra müdiri olduğu dövrdə və onun təşəbbüsü ilə, digər respublikaların tibb məktəblərində olduğu kimi, ATİ-də müalicə-profilaktika, pediatriya və stomatologiya fakültələrinin tələbələrinə epidemiologiya fənninin tədrisinə başlanmışdır. Bununla əlaqədar olaraq, kafedranın ştatı artırılmışdır.

Kafedranın bütün tarixi ərzində burada aparılan elmi işlərin əsasını Azərbaycanın ölkə patologiyasının və səhiyyəsinin əsas problemləri təşkil etmişdir. 1940–1950-ci illərdə malyariya, qayıdan yatalaq, dəri leyşmaniozu, pappataçi qızdırması kimi xəstəliklərin epidemiologiyasının öyrənilməsinə geniş yer verilmişdir.

Sonralar professor T.Ə. Tağızadənin rəhbərliyi altında leptospirozun epidemiologiyasının öyrənilməsi üzrə silsilə elmi-tədqiqat işləri aparılmışdır. Kafedranın nəzdində təşkil edilmiş leptospiroz laboratoriyasında əldə edilən nəticələr elmi-praktik əhəmiyyət kəsb etmişdir. Elmi-praktik nailiyyətlər nəzərə alınaraq, kafedra Cənubi Qafqaz və Orta Asiya respublikaları üçün metodik mərkəz kimi qəbul edilmişdir.

Epidemiologiya kafedrasına 1992-ci ildən  əməkdar elm xadimi, əməkdar müəllim, professor İbadulla Əliağa oğlu Ağayev rəhbərlik edir. Əməkdar elm xadimi, professor

T.Ə. Tağızadənin elmi məktəbinin davamçısı olan İ.Ə. Ağayev namizədlik və doktorluq dissertasiyalarını bilavasitə bu kafedrada yerinə yetirmişdir. O, elmi rəhbəri T.Ə. Tağızadənin elmi ənənələrini davam etdirərək, leptospirozun epidemiologiyası və profilaktikası üsulları üzrə elmi-tədqiqat işlərini davam etdirir.

Hazırda kafedranın əməkdaşları İ.Ə. Ağayevin rəhbərliyi ilə kəskin bağırsaq infeksiyalarının, helmintozların, protozoozların və qeyri-infeksion xəstəliklərin epidemiologiyasını tədqiq edirlər. Onun rəhbərliyi altında 40 nəfər namizədlik, 5 nəfər doktorluq dissertasiyası müdafiə etmişdir.

Kafedranın mövcud olduğu illər ərzində müxtəlif jurnallarda və elmi məcmuələrdə 700-dən artıq məqalə çap edilmişdir.

Hazırda kafedranın pedaqoji kollektivi 15 nəfərdən ibarətdir (2 professor, 5 dosent, 2 baş müəllim, 6 assistent). Əməkdaşlardan 3 nəfəri tibb elmləri doktoru, 5 nəfəri tibb üzrə fəlsəfə doktoru, 1 nəfəri isə fizika üzrə fəlsəfə doktorudur. Kafedranın hazırkı tədris bazası Bakı şəhəri, Səməd Vurğun küçəsi 163, ATU-nun 5 saylı korpusunun 6-cı mərtəbəsində yerləşir.