В 1985-1993 годах Галина Ганиева работала младшим научным сотрудником лаборатории гигиены питания в НИИ медицинской профилактики имени В.Я. Ахундова. В 1993-1995 годах была назначена страшим лаборантом кафедры питания и коммунальной гигиены Азербайджанского медицинского университета. В 1995-2005 годах работала ассистентом кафедры, в 2005-2008 годах - старшим преподавателем, с 2008 года - доцентом. В 1997 году защитила кандидатскую диссертацию по специальности «Гигиена». Является автором более 100 научных статей, методических материалов и учебных пособий.

С апреля 2017 года работала заместителем декана факультета Общественного здравоохранения Азербайджанского медицинского университета.

27 декабря 2022 года временно исполняла должность декана, а 13 декабря 2023 года была назначена на должность декана.

Она является экспертом и консультантом по вопросам питания в международных организациях (ЮНИСЕФ, ВОЗ, ВПП) и учреждениях Минздрава (разработка нормативных документов, протоколов и т.д.). Принимала участие во многих международных тренингах и семинарах. Она является членом Национальной комиссии Кодекс Алиментариус и Научного комитета Азербайджанского института безопасности пищевых продуктов.